Sau sự qua đời của Ueshiba Morihei vào năm 1969, Ueshiba Kisshomaru bắt đầu đảm nhận vai trò Doshu (người đứng đầu theo thừa kế).[1][2][3][7] Năm 1995, Ueshiba nhận Huy chương Zui Hosho từ Chính phủ Nhật Bản.[3] Cho đến năm 1998, sức khoẻ của Ueshiba đã suy giảm và điều này khiến ông thường xuyên phải đến bệnh viện.[2]

Ueshiba qua đời vào khoảng 5:30 PM ngày 4 tháng 1 năm 1999 tại một bệnh viện ở Tokyo.[1][2] Nguyên nhân tử vong là do suy hô hấp.[8] Khi cha của ông là Doshu đầu tiên, ông là Doshu thứ hai, và sau cái chết của ông, con trai của ông Ueshiba Moriteru đã trở thành Doshu thứ ba, tuân theo hệ thống iemoto.